Avant 2023, le cercle compte 28 communes : Bangassi, Colimbiné, Diamou, Djélébou, Falémé, Fégui, Gory Gopéla, Gouméra, Guidimakan Kéri Kaffo, Hawa Dembaya, Karakoro, Kayes, Kéméné Tambo, Khouloum, Koniakary, Koussané, Liberté Dembaya, Logo, Maréna Diombougou, Marintoumania, Sadiola, Sahel, Samé Diomgoma, Ségala, Séro Diamanou, Somankidi, Sony et Tafacirga.
Depuis 2023, le cercle codé en 0101, est composé de 4 arrondissements, 11 communes, dont 3 communes urbaines : Kayes, Gouméra et Somankidy et 113 villages, fractions ou quartiers (VFQ).
Communes du Cercle de Kayes Code Commune Chef-lieu VFQ 01010101 Kayes Kayes 7 01010102 Bangassi Bangassi N-L 14 01010103 Colimbiné Kabaté 9 01010104 Gory Gopéla Gory Gopéla 6 01010105 Gouméra Gouméra 1 01010106 Khouloum Khouloum 11 01010107 Liberté Dembaya Diala Banlieue 19 01010201 Séro Diamanou Séro 18 01010301 Hawa Dembaya Médine 10 01010401 Samé Diongoma Samé 17 01010402 Somankidy Somankidy 1
Parmi les 28 communes autres que la ville de Kayes, sont jumelées : Kakoulou, un village de la commune de Logo
Les communes du cercle de Kayes créées en 1999 sont : Bangassi, Colimbiné, Diamou, Djélébou, Falémé, Fégui, Gory Gopéla, Gouméra, Guidimakan Kéri Kaffo, Hawa Dembaya, Karakoro, Kayes, Kéméné Tambo, Khouloum, Koniakary, Koussané, Liberté Dembaya, Logo, Maréna Diombougou, Marintoumania, Sadiola, Sahel, Samé Diomgoma, Ségala, Séro Diamanou, Somankidi, Sony et Tafacirga.