La DCE fixe comme objectif de rétablir - ou de maintenir lorsque c’est déjà le cas - le bon état de toutes les eaux de l’Union européenne, c’est à dire des cours d’eau, des plans d’eau, des eaux littorales et des eaux souterraines.
Elle instaure le bassin hydrographique (bassin versant des grands fleuves) comme échelle pertinente de gestion de l’eau, notamment pour les fleuves transfrontaliers.
Elle impose de fixer des objectifs environnementaux (de bon état des milieux aquatiques) à atteindre à échéance déterminée.
Et pour tenir compte des spécificités locales, ces objectifs doivent être déterminés à une échelle plus fine que celle des grands bassins versants, les « masses d’eau » - portions de cours d’eau, plans d’eau, etc. homogènes de plus petite taille que les sous-bassins versants.
Pour parvenir au bon état des milieux aquatiques, les États membres doivent appliquer une méthode de travail commune, basée sur une planification des actions nécessaires et une évaluation des efforts et des résultats sur des cycles de six années.
La consultation du public fait partie de ce processus, pour renforcer la transparence de la politique de l’eau.
La méthode repose sur plusieurs documents, adoptés pour chaque grand bassin : l’état des lieux, le programme de surveillance, le plan de gestion et le programme de mesures.